牛奶蛋白过敏症状一般在喝奶后立刻发作，但也可能缓慢显现，而且不同宝宝所表现出的症状可能差异很大。
急性发作的症状可能包括：
呼吸问题，比如呼吸时发出喘息声；
进食后呕吐；
面部或喉咙肿胀；
嘴唇或嘴周围瘙痒或刺痛感；
易怒、烦躁不安；
血便；
全身性过敏反应（anaphylaxis）。全身性过敏反应是最为严重的一种过敏反应，需要立刻就医。
慢性发作的症状可能包括：
腹泻（可能伴有血便）；
肠绞痛（宝宝往往烦躁不安）；
呕吐；
拒绝进食；
皮疹。
值得指出的是，即使对专业医务人员来说，牛奶蛋白过敏的鉴别诊断也不是件容易的事。
首先，每个孩子过敏所表现出的症状和严重程度各有不同；另外，牛奶蛋白过敏的症状并不特殊，如皮疹、腹部绞痛、腹泻等在婴幼儿中其实很常见；再加上牛奶蛋白过敏容易与乳糖不耐受混淆，使得确诊更加困难。