一直以来，HIV的常规检测方法主要包括抗HIV病*抗体检测、病*培养、核酸检测和抗原检测等。如今，一种新的DNA检测（IPDA）方法日益受到瞩目，IPDA可以检测出近全基因组测序（nearfullgenomesequencing，nFGS）中发现的97%缺陷的前病*，IPDA也首次证明在前病*中缺陷型病*占主导地位。因此，IPDA提供了一种可扩展的替代方案，它对完整的前病*具有更高选择性的同时，让人们对这种新型检测技术倍加期待。
然而Nature最新的一篇研究：“HIV-1diversityconsiderationsintheapplicationoftheIntactProviralDNAAssay(IPDA)”却指出，最近出现多例由于HIV-1基因的多态性而导致IPDA检测失败的报告，在对北美HIV-1亚型人群的检测中，IPDA由于病*多态性而产生了28%的失败率，这对分析IPDA在HIV上的检测失败原因以及改进检测手段方面具有重要意义。
一、IPDA对HIV群体进行检测的失败率较高
该研究对46名HIV-1亚型患者使用IPDA方法进行检测，这些患者来自加拿大、美国和墨西哥，并且自身已获得了病*抑制。然而IPDA检测结果表明：17名参与者（37%）没有检测到任何完整的（即Ψ和env双阳性）前病*DNA；13名参与者的Ψ和env前病*DNA没有达到检测水平；8名参与者只检测到Ψ阳性前病*DNA；4名参与者中只检测到env阳性病*DNA；1名参与者中未检测到HIV病*。
二、HIV基因的多态性或为IPDA检测失败的原因
该研究通过对IPDA检测失败的原因进行分析表明，IPDA引物或探针区域的HIV-1基因的多态性可能导致IPDA低估HIV完整储存库的大小，从而降低检测结果的准确率。
为了证明分析结果的准确性，该研究以HIV-1的广泛中和抗体broadlyneutralizingantibodies（bnAbs）为例进行佐证。bnAbs可依赖细胞*作用（ADCC）消除HIV-1的感染部分，因此研究者采用临床试验对其进行评估，对其中一部分参与者使用IPDA进行检测，并在其中混入两位具有bnabs抗药性血浆的HIV-1参与者。值得注意的是，这两位参与者的env基因与IPDA的env检测探针并不匹配，研究表明，IPDA无法成功检测出含有这种基因多态性的DNA模板。理论上认为，如果一个基因储存库中存在使用bnabs治疗的基因多态性的HIV患者，则IPDA将会低估HIV完整储存库的大小，只能检测出部分HIV的易感基因。
HIV的基因多态性对IPDA测量的基因储存库的影响
三、如何解决HIV基因的多态性对IPDA准确率的影响
最近一项采用四重定量PCR检测的研究证实，评估所有检测探针后发现，IPDA中使用的探针为完整的前病*DNA序列提供了最大扩增的选择性，IPDA可扩展普通PCR的检测基因序列，对完整的前病*DNA具有更高的选择性，这是它一度受到好评的原因。但是，HIV的Ψ区域原病*基因序列的缺陷会限制IPDA引物的扩增，大多IPDA检测失败的案例都表明了Ψ区域多态性是造成准确率低的主要原因，这一结论对设计IPDA引物/探针集的思路具有重要意义。另外，次要序列的引物/探针集可用于确认检测失败的情况下，但值得注意的是，与IPDA的反应环境不同，它不能区分过度排列的基因序列。
IPDA引物和探针区域序列中Ψ或env基因的多态性导致检测失败
讨论
不可否认，IPDA检测方法是HIV-1长期研究中的重大进展，但最近由于HIV-1基因多态性导致检测失败率上升的报告必须受到